尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染所致，人是乳头瘤病毒-HPV的唯一宿主。目前采取分子生物学技术，将HPV分为100多种亚型，引起尖锐湿疣的病毒主要是HPV-6，HPV-11，HPV-16，HPV-18等型。HPV感染的是上皮组织，近年来大量文献及基础研究充分肯定，HPV在肛门生殖器癌的发生当中起到致病作用。比如说HPV-16，HPV-18，HPV-45，HPV-56为最常见的致宫颈癌的高危型，还可以引起阴茎癌。

主要通过性接触感染，还有就是通过接触病变部位，以及病人分泌物的非性直接接触感染。或因接触带有HPV病毒的生活用品，如内裤、浴巾或浴盆的间接接触感染。通过为病人检查、手术、上药治疗时的接触，导致的医源性感染，女性分娩婴儿时有可能感染HPV病毒。