尖锐湿疣好发生于性活跃的中青年。潜伏期一般为1～8个月，平均为3个月。

外生殖器及肛周皮肤黏膜湿润区为好发部位，男性多见于龟头、冠状沟、包皮系带、尿道口、阴茎部、会阴。同性恋者多见于肛门及直肠内，女性多见于大小阴唇、阴道口、阴蒂、阴道、宫颈、会阴及肛周。

少数患者可见于肛门生殖器以外的部位，如口腔、腋窝、乳房、趾间等。皮损初期是单个或者多个散在的淡红色小丘疹，质地摸上去是比较柔软的，顶端是尖锐的，慢慢就会增大增多，按照疣体的形状。有些是无柄型的，即丘疹样的皮疹，有些是有柄型的，可以长成菜花样的、乳头状的、鸡冠样的或者蘑菇样的形状。

疣体经常是白色、粉红色或污灰色的，表面易发生糜烂，有渗液、浸渍以及破溃，也可以合并出血以及感染。

大部分的患者没有自觉症状，不痛不痒，少数有一种异物感、灼痛、刺痒或者性交不适。宫颈部位的疣体通常比较小，界限清，表面光滑或呈颗粒状、沟回状，妊娠期可明显增大增多。少数患者疣体过大，可以成为巨大型的尖锐湿疣，巨大型的尖锐湿疣部分可以发生恶变。

少数患者表现为潜伏感染或者是亚临床感染。潜伏感染就是局部皮肤看上去是正常的，而我们做醋酸白试验也是阴性的，但是通过分子生物学方法可以检测到HPV存在，目前认为HPV潜伏感染是尖锐湿疣复发的主要原因之一。后者表现为肉眼不能辨认的皮损，醋酸白试验阳性，亚临床感染的存在和再活动也与本病复发有关。